全自動菌落計數(shù)儀主要是利用圖像采集器采集圖像，通過計算機對圖像進行分析，自動計數(shù)和測量細菌在固體培養(yǎng)基上生長而形成的肉眼可見的菌落或菌斑。廣泛應用于食品和飲料中的品質(zhì)和衛(wèi)生檢驗、水質(zhì)分析、乳及乳制品的檢測、醫(yī)院臨床檢驗、化妝品檢驗、環(huán)保監(jiān)測和藥品的品質(zhì)與質(zhì)量檢測等。隨著運用日益頻繁，用戶對于全自動菌落計數(shù)儀的準確性也越來越。近年來全自動菌落計數(shù)儀的發(fā)展具體體現(xiàn)在下面幾個方面： 
    1、成像方面，傳統(tǒng)的手動菌落計數(shù)器，使用的是放大鏡，一般可放大1.7倍到3倍?，F(xiàn)在使用的菌落計數(shù)器已經(jīng)具有了圖片拍攝功能，而且CCD的 規(guī)格越來越高，現(xiàn)在市場上銷售的儀器所配置的CCD規(guī)格是300萬到1000萬像素不等，分辨率也從原來的0.08mm增強到了現(xiàn)在的0.01mm，圖像 清晰度大大提高。另外應基層微生物實驗室的使用需求，還增加了圖像特性獲取功能。 
    2、圖像處理功能，具有圖像調(diào)節(jié)，圖像增強，圖像濾波，邊緣檢測，形態(tài)學運算等，這些都是傳統(tǒng)的菌落計數(shù)器所沒有的。 
    3、在統(tǒng)計功能方面，不再局限于傳統(tǒng)的數(shù)量統(tǒng)計?，F(xiàn)在市場上出現(xiàn)的全自動菌落計數(shù)器，已經(jīng)增加了一些智能識別技術(shù)，可全皿菌落統(tǒng)計，區(qū)域選擇統(tǒng) 計，鼠標點擊統(tǒng)計，排污區(qū)域計數(shù)，直徑分類統(tǒng)計，顏色識別統(tǒng)計等。更先進的全自動菌落計數(shù)器還帶有自動雜質(zhì)剔除，菌落粘連分割大腸桿菌技術(shù)等等。
    4、測量功能和抑菌圈自動測量方面也是原來的菌落計數(shù)器所沒有，更有先進的儀器已經(jīng)具有了藥敏分析功能。不過，這種菌落計數(shù)器多用在微生物實驗室等數(shù)據(jù)要求較高的領(lǐng)域，價格也不便宜，市場價多在8，9萬左右。 
    5、在數(shù)據(jù)庫的處理方面，較傳統(tǒng)的菌落計數(shù)器，增加了數(shù)據(jù)存儲，智能查詢，數(shù)據(jù)導出等，有的還可以設(shè)置操作者使用權(quán)限，數(shù)據(jù)修改權(quán)限設(shè)置等，使測量的數(shù)據(jù)更加安全。同時，還可以在線編輯，報表打印。